Le fonds est financé en partie par les cotisations d’accidents du travail des régimes salariés (agricole ou non), du régime des non-salariés agricoles , des régimes locaux d’Alsace Moselle et par une taxe sur les ventes de produits pesticides. Le montant de cette taxe est de 0,9 % sur la vente des produits phytopharmaceutiques. La mise en place du fonds d’indemnisation n’entraîne pas de nouvelle cotisation.